[請教] 類、星野照片處理

[genome]

今晚等不到雲開 沒看到月全食
把之前沒分析完的實驗數據拿出來分析
遇到一張處理不來的影像 請各位幫幫忙

這張是正常的照片 染色正常 黑點是腫瘤細胞形成的 (我都把這些腫瘤形成的黑點想像成"星點")
需要計算圖中圓框內的黑點(>=4x4 pixals)的數量和平均大小
我的作法是用ImageJ打開照片 選取中間的圓框部分 做Binary轉換 然候用ImageJ的粒子(particles)分析功能來計算腫瘤細胞的黑點數量和大小


可是有時候會遇到染色失敗的情形 如下
失敗的染色看起來有點像是"雲氣"
若直接用ImageJ的Binary做轉換 這些雲氣跟腫瘤細胞(星點)就會一起被轉成同一個值 這樣就分析功能就會失真
請問要用怎樣的步驟可以除去這些染色失敗所造成的"雲氣" 只留下"星點"呢?
除了免錢的ImageJ之外 小弟手邊有Photoshop CS3可以用


若看到叉燒包 麻煩請到檔案夾在這裡:
http://picasaweb.google.com/108971756925728977266/Picasa#

先謝謝大家

[惺芸大濕]

這樣可以用嗎
因為你的培養基是紅色剛好你去R色頻
類雲氣的干擾會少很多在拉一下曲線把黑點保留

[大瘋起嘻]

我還以為是星座盤

[genome]

這樣可以用嗎

把實驗組和對照組的照片用相同方式處理過 (不論染色成敗) 應該是可以用哦
可能要先用肉眼比對一下處理過的大圖來和原圖差別多少 "雲氣"之中的"星點"有沒有不見?

請問是怎麼解決掉雲氣的呢?

[eagleeagle]

可能要先用肉眼比對一下處理過的大圖來和原圖差別多少 "雲氣"之中的"星點"有沒有不見?
請問是怎麼解決掉雲氣的呢?

因為您要保留所有星點，所以暫時不建議拉曲線，以免星點有任何損失。


以下方式是針對您這個紅、黑影像的簡單分離星點方法：

1、將影像觀看倍率放大，我是用400%；要算4X4的點數就用更高一點的倍率來算，大概要600%以上比較清楚。




2、濾鏡→銳利化→遮色片銳利化




3、遮色片銳利化的數值，總量拉到最高，像素設定1點，高反差設定25階﹝鄰近畫素亮度相差25階以內不會被銳利化﹞。
   以上是建議數字﹝如果您採用原始檔案大小時﹞，您可以自行嘗試不同參數。
   銳利化參數正確的話會強化影像，但是不會增加原本沒有的黑點，除非原檔案很多雜訊。
   只要調整到黑點更明顯您認為可以，那就可以了。   




4、視窗→色版。把色版的視窗叫出來。




5、以下是分別觀看紅、綠、藍色板的對比，您自行確認哪一個版比較容易清楚。







6、色版→分離色版。如果要分開看三個色版，按色版視窗旁的三角形，選擇分離色版，
   這個檔案就會被拆成三個黑白檔，您可以選一個最清楚的檔案存下來。  




以上的方式是很簡單將黑點顯示出來而且不會損失的方法，
如果您一定要分離出黑點，那就用另外的方法，目前先不繼續說明了。

[genome]

感謝
先試試看之前寫的macro能不能辨識調整過遮色片銳利化的色版
之後再回報

[大瘋起嘻]

我的想法是把它弄成灰階 --> 二值化運算

也就是用  128 (或某個數字N) 為分界 像素小於N 為0 , 128 以上為255

這樣雲氣因為沒有辦法到 N, 所以就會變成 0

我今天找個學生寫看看好了

[惺芸大濕]

幹老師就是有這好處....
大瘋我要雞排跟珍奶

[大瘋起嘻]

幹老師就是有這好處....
大瘋我要雞排跟珍奶

那也得找到那位選手，也要看那學生肯不肯，現在學生哪有那麼乖呀

珍奶沒問題, 到內湖高工來就招待你

雞排因為在下已是佛門中人, 恕難款待，阿彌陀佛

[genome]

還是不太work捏..... 

不知道這個想法是否可行?
拿"星點" 跟周圍局部(小小一圈的範圍即可)來比較?
因為"雲氣"範圍比較大 分布是漸進的 從邊緣往中央顏色越來越深 所以顏色改變的斜率比較小
而"星點"範圍小 從邊緣到中央顏色的改變斜率比較大 而且星點的邊緣顏色通常也蠻深的
只要"星點"和旁邊的"雲氣"顏色相差夠大的 顏色比較淺的"雲氣"通通把顏色調得很淺 (比如說0-255階 相差大於5 or 10階?)
 

[eagleeagle]

還是不太work捏.....  

不知道這個想法是否可行?
拿"星點" 跟周圍局部(小小一圈的範圍即可)來比較?
因為"雲氣"範圍比較大 分布是漸進的 從邊緣往中央顏色越來越深 所以顏色改變的斜率比較小
而"星點"範圍小 從邊緣到中央顏色的改變斜率比較大 而且星點的邊緣顏色通常也蠻深的
只要"星點"和旁邊的"雲氣"顏色相差夠大的 顏色比較淺的"雲氣"通通把顏色調得很淺 (比如說0-255階 相差大於5 or 10階?)
 

意思是你的軟體還不能在這樣的反差下去算出大於4X4矩陣的星點？

如果是，那在不增加多餘星點與減少最少星點的條件下，只要調整銳利化的數值就可以做到，
意思就是讓黑點更黑，盡量讓原本肉眼可分辨的達到純黑色，而且不會增加星點。

做法如下：
1、銳利化數字增加，把像素提升到4，黑點的色調就會更深。




2、影像→調整→色相與飽和度。叫出色相與飽和度視窗。




3、裡面可以選擇色彩，選擇紅色與洋紅色。




4、分別將紅色與洋紅色【明亮】的數值拉到100。


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如果以上的做法雲氣還不夠淺，那就依照下面做法再加強。
1、如同上面1的做法，銳利化的數值加大。





2、再次銳利化，讓黑點達到近乎純黑，但是高反差的數值加大到100或更高一些。




3、叫出色相與飽和度視窗，將紅色與洋紅色的飽和度增加30，使紅色與洋紅色的色彩純化。




4、分別將紅色與洋紅色【明亮】數值調到最高。





這樣做如果雲氣與星點還不夠分離，那下一步再用其他方法。

PS：
因為您一開始提到盡量保留原始的大小星點，所以就採用銳利化的方式。
用銳利化的意思就是在一開始先將小星點分離與純化，這樣就可以做避免拉曲線或其他動作時星點消失或增大。

[genome]

感謝各位
用了eagleeagle大的下列方法 不需再做第二次銳利化 這時ImageJ就可以在這樣的情況下算出4x4以上的星點數目了
而且比較了好幾張染色異常的培養皿照片 似乎都沒有問題
小弟會進一步用肉眼比較銳利化處理加上ImageJ前後的差異(看看之前在ImageJ下寫的macro條件會不會誤判) 及結果是否符合預期
之後再上來回報
 

先祝大家聖誕快樂

意思是你的軟體還不能在這樣的反差下去算出大於4X4矩陣的星點？

如果是，那再不增加多於星點與減少最少星點的條件下，只要調整銳利化的數值就可以做到，
意思就是讓黑點更黑，盡量讓原本肉眼可分辨的達到純黑色，而且不會增加星點。

做法如下：
1、銳利化數字增加，把像素提升到4，黑點的色調就會更深。
2、影像→調整→色相與飽和度。叫出色相與飽和度視窗。
3、裡面可以選擇色彩，選擇紅色與洋紅色。
4、分別將紅色與洋紅色【明亮】的數值拉到100。
......................
PS：
因為您一開始提到盡量保留原始的大小星點，所以就採用銳利化的方式。
用銳利化的意思就是在一開始先將小星點分離與純化，這樣就可以做避免拉曲線或其他動作時星點消失或增大。